Hoàn thuế VAT sau xuất khẩu - lo ngại điểm nghẽn với chuỗi cung ứng nông sản

Xuất khẩu gạo: Ảnh minh họa

Ông Đỗ Hà Nam – Chủ tịch Hiệp hội Lương thực Việt Nam (VFA), Chủ tịch HĐQT kiêm Tổng Giám đốc Tập đoàn Intimex cho biết, theo quy định hiện hành, các sản phẩm nông nghiệp sơ chế (như bóc vỏ, làm sạch) gồm cà phê, gạo, tiêu, điều... không thuộc diện chịu thuế VAT. Tuy nhiên, Nghị định 181/2025/NĐ-CP lại yêu cầu doanh nghiệp xuất khẩu phải xuất hóa đơn có thuế VAT 5%, sau đó làm thủ tục hoàn thuế.

Theo quy trình, để được hoàn thuế, nhà xuất khẩu phải ứng trước tiền cho nhà cung ứng trong nước để nộp 5% VAT. Sau khi hàng hóa được xuất khẩu, doanh nghiệp nộp hồ sơ hoàn thuế và sẽ được hoàn lại khoản thuế này. Tuy nhiên, thực tế đang phát sinh nhiều vấn đề dẫn đến rủi ro cho doanh nghiệp xuất khẩu.

Bốn rủi ro chính:

Thứ nhất, nếu nhà cung ứng không nộp thuế, doanh nghiệp xuất khẩu mất trắng. Trước đây có không ít trường hợp doanh nghiệp xuất khẩu đã chuyển tiền cho nhà cung ứng để họ nộp thuế VAT, nhưng phía nhà cung ứng sau đó lại không thực hiện nghĩa vụ thuế. Một số nhà cung ứng còn tuyên bố thua lỗ, phá sản hoặc dừng hoạt động, khiến cơ quan thuế không thể thu hồi số thuế VAT đó. Trong khi đó, theo quy định nếu nhà nước không thu được VAT từ nhà cung ứng thì cũng sẽ không hoàn lại cho doanh nghiệp xuất khẩu, dù hàng hóa đó vốn không thuộc diện chịu thuế. Đây là một rủi ro trực tiếp mà doanh nghiệp xuất khẩu phải gánh chịu.

Thứ hai, doanh nghiệp bị “giam” vốn vì thời điểm hoàn thuế phụ thuộc vào thời gian thanh toán. Nhiều hợp đồng xuất khẩu – đặc biệt là cà phê chế biến và bán gạo trong các hợp đồng liên Chính phủ – có điều khoản thanh toán chậm, kéo dài từ 3 tháng đến một năm, thậm chí nhiều năm. Tuy nhiên, theo quy định, chỉ khi nào doanh nghiệp nhận được tiền thanh toán mới đủ điều kiện hoàn thuế.

“Đây là điểm nghẽn lớn về dòng tiền. Doanh nghiệp vừa phải ứng tiền để đóng VAT, vừa bị treo vốn chờ khách trả tiền. Trong khi đó, ngân hàng lại không hỗ trợ cho vay khoản thuế này. Nếu khách hàng nước ngoài không thanh toán, doanh nghiệp không chỉ mất vốn mà còn mất cả VAT”, ông Nam phân tích.

Ông Nam cho biết thêm tình trạng chậm trong giải quyết hoàn thuế VAT diễn ra phổ biến. “Số tiền VAT bị treo lại rất lớn, nếu tiếp tục kéo dài thì từ nay đến cuối năm, doanh nghiệp không còn vốn để vận hành sản xuất, ảnh hưởng đến toàn bộ hệ thống xuất khẩu nông sản. Đây là vấn đề nghiêm trọng và Thủ tướng Chính phủ đã nắm được tình hình”, ông nhấn mạnh.

“Đây là điểm nghẽn lớn về dòng tiền. Doanh nghiệp vừa phải ứng trước tiền để đóng VAT, vừa bị ‘treo’ vốn chờ khách hàng thanh toán. Nếu khách hàng nước ngoài không trả tiền, doanh nghiệp sẽ mất cả vốn lẫn VAT”, ông Nam bày tỏ lo ngại.

Thứ ba, để triển khai việc hoàn thuế VAT, Bộ Tài chính buộc phải huy động một lực lượng cán bộ rất lớn nhằm xử lý hồ sơ và thực hiện kiểm tra, giám sát. Tuy nhiên, điều này lại tiềm ẩn rủi ro cao cho chính đội ngũ cán bộ thuế. Nếu việc kiểm soát không chặt chẽ, có thể dẫn đến hoàn thuế sai đối tượng, gây thất thoát ngân sách nhà nước và kéo dài quá trình kiểm tra, gây ách tắc trong công tác hoàn thuế.

Thứ tư, hàng hóa hoàn thuế là nguyên liệu đầu vào giá thấp nhưng khi xuất khẩu thì hoàn thuế VAT trên giá bán xuất khẩu, dẫn đến nhà nước phải bù thêm tiền hoàn thuế VAT, do chênh lệch giữa đầu vào (giá nguyên liệu thấp) và đầu ra xuất khẩu.

“Thu vào thì ít, hoàn lại thì nhiều, rõ ràng nhà nước bị thiệt. Vậy có cần thiết phải duy trì cách làm này? Đó là chưa kể có doanh nghiệp có thể lợi dụng chính sách hoàn thuế để chiếm đoạt ngân sách”, ông Nam nêu rõ.

Đó cũng là lý do không chỉ VFA mà hầu hết các hiệp hội ngành hàng nông sản khác như Hiệp hội Chế biến và Xuất khẩu thủy sản Việt Nam, Hiệp hội Cà phê – Ca cao, Hiệp hội hồ tiêu và cây gia vị Việt Nam đang có kiến nghị về thuế VAT 5%.

Cộng đồng doanh nghiệp xuất khẩu bày tỏ lo ngại rằng nếu chính sách VAT 5% tiếp tục được duy trì, sẽ không có nhiều doanh nghiệp đủ tiềm lực tài chính để cầm cự lâu dài.